Cette guerre appelée des voeux de Serena Butler a mis fin à la suprématie des ordinateurs et a abouti à leur interdiction pure et simple : toutes les analyses de données sont effectuées par des individus spécialisés, les mentats.

Son principal commandement, qui figure dans la Bible Catholique Orange, dispose que « Tu ne feras point de machine à l’esprit de l’Homme semblable ».

Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.

Le Jihad Butlérien commença en 201 AG pour se terminer en 108 AG, par la victoire des Humains, réunis au sein de la Ligue des Nobles. La Ligue pouvait compter sur le soutien des Planètes Dissociées, planètes non membre de la Ligue, mais ne faisant pas non plus partie des Mondes Synchronisés, qui étaient les mondes inféodés au suresprit des Machines Omnius. On compte parmi elles notamment Caladan, berceau de la Maison Atréides, Arrakis, seule source connue de l’Épice gériatrique, le Mélange, ou encore Tlulax, planète de ce qui deviendra plus tard le Bene Tleilax. Il faut noter que les Machines ont à leur côté les Titans, des mécaniques dotées de cerveaux humains, qui finissent par trahir Omnius. Les derniers Titans, Agamemnon, Junon et Dante, seront finalement détruits par Vorian Atréides et Quentin Butler juste avant la bataille de Corrin.

Dans les premiers temps, la suprématie des Machines était absolue, et la résistance humaine semblait vouée à l'échec à terme. Mais l'assassinat sur la Terre du fils de Serena Butler, Manion, par le robot indépendant Érasme, conduisit à une révolte sans précédent des esclaves humains des Mondes Synchronisés, et à une riposte massive de la Ligue, qui frappa la Terre d'ogives nucléaires. S’ensuivit une longue période de combats entre la Ligue et les Machines, période marquée par un relatif équilibre des forces (victoires humaines de Poritrin, Tyndall, IV Anbus, défaites d’Honru, d’Ellram, de Peridot et de Corrin).

La Ligue fut cependant au bord de l'effondrement après l'offensive bactériologique d’Omnius, qui dissémina des agents pathogènes d'une peste à haut degré de mortalité (le Fléau d’Omnius). Ce Fléau élimina plus de la moitié de la population humaine. Pour éviter la défaite imminente, la Ligue décida de frapper radicalement tous les Mondes Synchronisés d’Omnius à coup d'atomiques au cours d'une campagne éclair appelée La Grande Purge. Cette campagne, dirigée par Vorian Atréides, fut rendue possible par l’utilisation des Moteurs Holtzman pouvant plisser l'espace.

Suite à la Grande Purge, seule Corrin resta sous le joug des Machines, en tant que dernier Monde Synchronisé. Pendant vingt ans, la Ligue empêcha toute sortie des machines en mettant en place un cordon de satellites-brouilleurs capables d’anéantir les circuits de toute machine tentant de le franchir, et en laissant stationnée au large de Corrin une flotte de surveillance. Toutefois, après cette accalmie relative, marquée par une ultime offensive d’Omnius sur la planète capitale de la Ligue, Salusa Secundus, l’Armée de l'Humanité lança la plus grande offensive de l’histoire du Jihad pour détruire le suresprit de Corrin Les Forces humaines étaient dirigées par le Bashar Suprême Vorian Atréides, secondé par le Bashar Abulurd Harkonnen. Le manque de détermination et la lâcheté de ce dernier lors de l’épisode du Pont de Hrethgir faillirent conduire l’Armada humaine au désastre, mais le sang froid de Vorian Atréides permit aux forces humaines de remporter finalement un succès couteux en vies humaines, mais décisif. Les Machines et Omnius venaient de perdre leur dernière bataille, la Ligue avait remporté la victoire finale.

Pour marquer la fin du Jihad et tourner la page de cette époque sombre et sanglante, le Vice-Roi de la Ligue Faykan Butler prit alors le nom de Corrino, en mémoire de l’ultime bataille. Il décida d’une nouvelle organisation politique des mondes humains, réunis désormais au sein d’un Empire Galactique dont il serait le souverain, prenant le titre d’Empereur Padishah.