MSDOS.SYS est un fichier exécuté au
démarrage des systèmes d'exploitations
MS-DOS et
Windows 9x.
Il est exécuté immédiatement après IO.SYS et contient le centre du système d'exploitation MS/DOS (Noyau DOS).
Sur les systèmes Windows, ce fichier MSDOS.SYS est simplement un fichier ASCII qui contient des paramètres de configuration directives.
Par défaut, le fichier est situé dans le répertoire racine de la partition bootable (habituellement désignée par C:\\ dans les environnements DOS et Windows) et possède les attributs fichiers suivants: Caché, Système, et lecture seule.
IBM-DOS et PC-DOS utilisent le fichier équivalent qui s'appelle IBMDOS.COM.