Capturé avec son frère en 1821, alors que son père est massacré, il est conduit à Izmir puis Constantinople où il est vendu comme esclave à un envoyé du Bey de Tunis. Élevé dans la famille beylicale, il parvient à se hisser au second poste de l'État tunisien.

Mustapha Khaznadar, devenu grand vizir, instaure une politique financière déplorable pour le pays en imposant une fiscalité extrêmement lourde et en contractant des emprunts en France. De plus, des exactions sont opérées par les gouverneurs des villes et les chefs de tribus. En 1864, les villes du Sahel ainsi que les tribus du sud-ouest du pays se révoltent aux cris de : « Plus de constitution ! Plus de taxes ! Plus de mamelouks ! ». Le gouvernement se demande alors si les Bédouins ne vont pas assiéger Tunis tellement l'Insurrection gagne du terrain. Mais les insurgés manquent d'unité de vue et d'action et Khaznadar en profite pour semer la division parmi eux. Il charge le général Zarrouk de réprimer cette insurrection. La répression est impitoyable notamment dans le Sahel. Le bey suspend la constitution de 1861 et le taux de la taxe est réduit de moitié mais Khaznadar et les mamelouks, qui viennent de sauver le régime de l'insurrection, restent au pouvoir car ils sont plus indispensables que jamais pour le souverain.

Succédant à ces événements, une Sécheresse persistante s'abat sur le pays. Elle est d'autant plus désastreuse que les réserves vivrières sont épuisées et que les hommes au pouvoir n'ont pris aucune mesure pour enrayer ses conséquences. La Misère sévit dans le pays en 1867 et la Capitale n'est pas épargné : il meurt de 100 à 150 personnes par jour de Famine ou du Typhus.

Dans ces circonstances difficiles, Mustapha Khaznadar détourne le trésor de l'État à son propre profit, à partir de 1868, et notamment les recettes municipales. Le budget de la municipalité de Tunis est ainsi réduit à la modeste Subvention des Habous. C'est en 1873 qu'a lieu la chute de Khaznadar qui a gouverné la régence pendant 36 ans. Le général Kheireddine Pacha, alors président de la commission financière internationale institué par le bey en 1869, présente au souverain, dans une audience au palais du Bardo, un rapport de la dite commission accusant Khaznadar d'avoir détourné 2000 obligations représentant 2 millions de francs. Les preuves contre Khaznadar sont accablantes et celui-ci doit confesser sa culpabilité. Khaznadar offre alors sa démission et est remplacé par le général Kheireddine. À Tunis, l'Opinion publique est très favorablement impressionnée par ces événements qu'on qualifie alors de Révolution. Des cérémonies d'actions de grâce ont lieu dans toutes les mosquées, la Médina est illuminée pendant 3 jours et les artisans et commerçants des souks témoignent leur reconnaissance envers le bey par l'envoi au Bardo de délégations et de présents. On donne également des courses de chevaux et d'autre réjouissances. Isolé et haï de tous, Khaznadar meurt en 1878.