Comme la plupart des premiers humanistes européens, il effectua un voyage en Italie. Il devint docteur en Sorbonne en 1480, et se lia avec son exact contemporain Guillaume Fichet auquel il succéda à la chaire et en tant que figure de la renaissance classique en France. Ils ont créé un petit groupe d’hommes ensemble. Gaguin s’occupait de l’ordre des Trinitaires, ordre spécialisé dans le rachat des Chrétiens captifs des Turcs

Il acquit un certain prestige en Europe ; la première oeuvre imprimée d'Erasme fut une lettre d'hommages à Gaguin. Il est l'auteur d'une chronique, De origine et gestis Francorum compendium (1495), et de poèmes (L'Immaculée Conception de la Vierge Marie).