Il fut organiste de la cathédrale Saint-Etienne (Stephansdom) de Vienne à partir de 1634, et de la Chapelle Impériale à compter de 1637 : il en devint ensuite le maître de chapelle en 1663. Son frère jumeau Markus (1612-1681) exerça également à Vienne et fut organiste de la Chapelle Impériale de 1655 à 1680.

Wolfgang Ebner a écrit, entre autres, des variations pour le clavecin (Aria augustissimi ac invictissimi Imperatoris Ferdinandi III : XXXVI modis variata, ac pro cimbalo accomodata , Prague, 1648), des airs de danses, de la musique de ballet et un motet. François Roberday a emprunté un thème de M. Ebnert (sic) pour l'une des pièces de son recueil de "Fugues et Caprices".