Elle est fondée à l'époque des invasions doriennes par des colons originaires de Phlionte et de Cléonaï et fait partie de la Dodécapole ionienne. Ce sont des colons de Clazomènes qui fondent Abdère en Thrace. C'est l'une des premières cités qui bat monnaie. Elle est entre le VIIe et le Ve siècle av. J.-C. un centre actif du commerce vers l'Égypte et la Thrace. Soumise aux Perses elle passe sous le contrôle d'Athènes après les Guerres médiques mais se révolte en 412 av. J.-C. Elle repasse sous la domination des Achéménides en 387 av .J.-C., puis celles des royaumes hellénistiques et enfin des Romains au Ceux-ci lui accordent de nombreux privilèges fiscaux et commerciaux.

Patrie d'Anaxagore et d'Hermotime.