Il fait ses débuts en rallye en 1993 et participe pour la première fois au niveau mondial en 1997. Durant les saisons 2003 et 2004, il remporte 5 rallyes en mondial au volant de la Ford Focus WRC.

En 2005, il passe chez Peugeot mais éprouve des difficultés à s'adapter à la Peugeot 307 WRC et doit attendre six mois pour accrocher un podium. Lors du rallye de Grande-Bretagne, son copilote Michael Park décède suite à une sortie de route.

Quelques mois plus tard, Markko Märtin annonce qu'il met fin à sa carrière de pilote.

Il se pourrait qu'il soit pilote de de devellopement au sein du team Subaru