Hafez a mené un coup d'État contre le gouvernement syrien en 1963, un peu après la dissolution de la République arabe unie. Il devient le chef du Conseil national de commande révolutionnaire. Ce conseil a été dominé par le parti Baath, Hafez en était son président. A la tête de la Syrie, il a mené d’importantes réformes sociales, et s'est rapproché du bloc soviétique.

Le 23 février 1966, il a été renversé par l'aile prosoviétique du parti Baath, faction dirigé par Salah Jedid. La faction mené par Jedid était régionaliste (qutri) leur but était la création d'une grande Syrie, alors que la faction d'Hafez était panarabe et nationaliste (qawmi). Le coup d'État mené par Jedid a été activement soutenu par des religieux, en particulier par des religieux druzes et alaouites.

Après le coup, Hafez à vécu en exil jusqu'en 2005, ou il a pu retourner vivre en Syrie.