Il est vice-président du président Olusegun Obasanjo du 29 mai 1999 au 29 mai 2007 et membre du parti Action Congress.

Lors de la tentative de modification constitutionnelle lancée début 2006 et visant à autoriser le président à pouvoir briguer un troisième mandat, Abubakar s'est rangé dans le camp des opposants. Se plaçant dans l'opposition à son parti et probablement voeu du président Obasanjo. La défaite de la modification constitutionnelle devant le Sénat le 16 mai 2006 a exacerbé les tensions entre Obasanjo et ses opposants au sein du PDP, principalement Abubakar et Uche Chukwumerije. Abubakar a demandé la démission d'Obasanjo et a annoncé sa candidature pour l'élection présidentielle de 2007.

La candidature d'Abubakar n'est pas choisie par le PDP qui préfère celle d'Umaru Yar'Adua. Abubakar est exclu du parti suite à son investiture par le parti Action Congress. Le 23 décembre 2006, le président Olusegun Obasanjo a retiré tous les droits et privilèges dont jouissait Atiku Abubakar en sa qualité de vice-président alors que la veille, le Parti démocratique populaire (PDP, au pouvoir) a déclaré ce poste vacant. Atiku Abubakar, en vacances aux États-Unis, a dénoncé cette destitution et appelé les Nigérians a la considérer comme un coup d’État contre la constitution.Le 20 février 2007, la Cour d’appel d’Abuja considérant que « Selon la Constitution, le Chef de l'État n'a pas le pouvoir de déclarer vacante la fonction de vice-président », juge illégale cette destitution.

Le 7 février 2007, l'agence gouvernementale de lutte contre la corruption (Economic and Financial Crimes Commission), publie une liste de 135 hommes politiques qu'elle juge « inadaptés à tenir un mandat en raison de leur corruption ». Abubakar est nommé dans la liste. Le lendemain, le PDP remplace la plupart des candidats nommés par l'EFCC et demande aux autres partis d'en faire autant.

Le 16 avril 2007, la Cour suprême décide d'autoriser la candidature d'Abubakar à l'élection présidentielle du 21 avril 2007.

Référence